Mensaje al eliminar, que no se puede eliminar ya que se estan usando en otra tabla

[repara2]

Para lograr el efecto que buscar tendrias que marcar los registros como 'usados' por código.
Existe en mysql la función LOCK_TABLE pero no estoy seguro si es lo que buscas.
Respecto de los registros relacionados, tienes que usar restricciones en las tablas de manera que no puedas elminar / actualizar los registros de otras tablas.