Ok por supuesto que puedes dar formato dentro de una celda te recomiendo que revices este tema
Write HTML
en la pagina oficial en http://www.fpdf.org/
en la zona de (Scripts) en el menu que aparece de lado izquierdo encontraras la lista de plugins si asi se els puede llamar sobre las alternativas que tienes con l diseño de pdf en linea.
el que tu buscas es uno diseñado por 24/01/2004 Aramis que se llama Write HTML
y asi se ve el ejemplo
Código PHP:
<?php
require('WriteHTML.php');
$pdf=new PDF_HTML();
$pdf->AddPage();
$pdf->SetFont('Arial');
$pdf->WriteHTML('You can<br><p align="center">center a line</p>and add a horizontal rule:<br><hr>');
$pdf->Output();
?>