Si tus archivos setup son ejecutables (seguramente) puedes usar la acción de fscommand
exec Al crear un ejecutable con flash te genera un archivo con extension .exe que no necesita de ningún plug-in para ser visto.
Con respecto al tutorial, no hay mucha diferencia entre hacerlo para web o para un cd, solo algunas acciones, pero son mínimas.
Espero te sirva.
Saludos desde México.