http://bytes2000.wordpress.com/2006/...vn-subversion/
Según eso debes actualizar el SVN del netbeans (supongo que tendrás 6.0 o superior) a la última versión disponible. Y luego el Tortoise que te descargues debe tener también la última versión.
Que yo sepa en svn hay conflictos entre dos versiones diferentes por un cambio que hicieron en el sistema de marcado de archivos, que en una hay un archivo svn asociado a cada archivo y en la otra aparece un unico archivo svn por carpeta.