Tienes que entender dos cosas, una cosa es el sistema de archivos y otra cosa es un URL, con PHP puedes perfectamente incluir archivos dentro del sistema de archivos (siempre y cuando tengas permisos y no este la directiva open_basedir).
Ahora otra cosa es una URL, y los archivos que cargas por ejemplo en el <link> o en un <a> todos esos son URL por lo que NO puedes cargar archivos fuera del document_root ya que esa es la raiz del URL en tu servidor.
Lo que tienes que hacer es cargarlos usando el dominio completo (usando
http://) para el path, ya que el browser no puede navegar por el sistema de archivos de tu dominio, solamente por la URL que es accesible desde el navegador.
Saludos.