Hola Juan Ca,
Estoy actualmente trabajando en un proyecto que tiene indexadas unas 300.000 páginas en el que no había un SEO hasta ahora
. Sí Google avisa de algunos de los problemas, en nuestro caso más de 2.000 problemas. Como eran muchos errores mejor nos los miraban.
Pero no te avisa de todo, en los resultados paginados muchas veces para evitar problemas de contenidos duplicados, o que la 3ª página de resultados aparezca en primera posición para una búsqueda, se usan soluciones muy imaginativas... como sólo indexar la primera página.
Si tu navegación está hecha con flash o javascript, Google no tiene de nada que avisarte, simplemente Google no encuentra ningún enlace y no indexa nada. Si esto se soluciona poniendo tus páginas en el sitemaps, como digo aparente no hay problemas. Todo tu contenido está indexado ¿Cual es el más relevante? En el sitemaps le puedes indicar una prioridad ¿Pero todo el mundo lo hace bien?
No te preocupes por mi contenido duplicado, la versión de este foro habla de lo mismo, pero lo he escrito totalmente de nuevo. No creo que haya repetido ninguna frase.