Esto es como todo, depende de cómo lo utilices, te van a penalizar o no.
Me explico, yo y mucha gente utiliza el Text-Indent para hacer una especie de sangrado en los párrafos y demás y eso no afecta para nada en el posicionamiento. Pero por otra parte, si lo utilizas como el display:none para ocultar texto, entonces sí te puede afectar si te pillan.
Cita:
Iniciado por caricatos 
¿No te parece una idea absurda la de penalizar por aplicar estilos...?
Puede parecer absurdo, sí, pero desde las CSS puedes hacer cosas que te puedan penalizar, como ocultar texto.
Yo por ejemplo han habido casos que he ocultado un texto de una línea para la Accesibilidad Web, y Google nunca me ha penalizado, pero otra cosa es ocultar una parrafada con un texto sin sentido, sólo con keywords, decenas de ellas camufladas con el fondo o ocultas directamente en un div.