Cita:
Iniciado por Fuzzylog 
Puede ser que el SO de local y el SO del servidor tengan diferente configuración de idioma (locale) o que la codificación sea diferente, normalmente se suele emplear utf-8.
Gracias por la información, el problema es no estoy muy familiarizado con el método de generación de PDF (la aplicación no la hice yo) y he intentado cambiar la codificación de los XML por UTF-8 usando el método getBytes("UTF-8"), pero me da este error:
[org.xml.sax.SAXParseException: Invalid byte 1 of 1-byte UTF-8 sequence.]
En la aplicación se usan las clases ByteArrayOutputStream y ByteArrayInputStream para guardar el código xml.
Puede que sea más fácil cambiar algo en el servidor para que codifique bien que cambiar el código de la aplicación para que lo genere todo en UTF-8, aunque seguramente modificar la aplicación sería lo correcto para que no vuelva a ocurrir.