Script enviar datos de servidor1 a servidor2

[repara2]

Es muy difícil decirte algo sin conocer todos los detalles del sistema.
Respecto a posibles soluciones, de más fácil a más difícil, tal como tú comentas, soluciona la RAM del servidor, mejora la conexión y en lo posible todo el hardware en ambos servidores.
Si el problema es transferir la info, y luego es Server2 el que procesa, puedes buscar un método alternativo como replicación o transferencia masiva con el toolkit de Mysql.
Entrando en más detalles: comprobar indices, claves foráneas, defragmentar discos y mil etcéteras. La función EXPLAIN de MySQL te puede servir para ver cuáles son las select que van mal. Cualquier profiler de PHP te dirá dónde consumes la mayoría de tu tiempo.
Espero que sirva, saludos