El problema es que te falta decir que ese código lo ejecutarás cuando la página cargue, lo primero que se carga es el script externo que dices, por el renderizado del DOM...
Usa
OnLoad de javascript Nativo que en jQuery seria
$.ready();
Código Javascript
:
Ver originalfunction init() {
document.getElementById('MyDiv').className = "ClaseDiv";
}
window.onload = init;
Saludos y te recomiendo
jQuery..