Es porque no estas definiendo los campos de la tabla como arrays, te faltan los []:
Código PHP:
<tbody>
<!-- Fila escondida, que va a llegar con un base 0 -->
<tr id="clonable" style="display:none">
<td><input type="text" name="numfactura[]" /></td>
<td><input type="text" name="descripcion[]" /></td>
<td><input type="text" name="cantidad[]" /></td>
<td><a href="#" onClick="borraFila(this.parentNode.parentNode)">Eliminar</a></td>
</tr>
<!-- Esta fila va a ser la clonada -->
<tr id="tabla_1_fila_1">
<td><input type="text" name="numfactura[]" /></td>
<td><input type="text" name="descripcion[]" /></td>
<td><input type="text" name="cantidad[]" /></td>
<td><a href="#" onClick="borraFila(this.parentNode.parentNode)">Eliminar</a></td>
</tr>
</tbody>
Saludos!
