Al final terminé reemplazando carácteres por ascii hasta que no me reconosca nada de código. Creo que fue la solucion más fácil.
http://ascii.cl/es/codigos-html.htm
Probé usar el script que dejaste pero es bastante complicado de usar y me reemplaza los tags de "<?php por <--?php osea, un comentario, cosa que no me sirve.
Gracias a todos!