Cita:
Iniciado por kseso? 
¿Y cuál es su estructura html?
Son dos cajas hermanas, hay un padre que las contenga o el header está dentro de la que necesita al 100%?
El css implicado dependerá de cuál sea el marcado html.
Pero normalmente se resuelve utilizando valores negativos en el margen inferior y evitando la posición absoluta por los problemas (a futuro) derivados de ella.
Estan por separado...
<div id="head">tiene 40px de alto</div>
<div id="box">Altura: lo que queda de pantalla</div>
Tengo que meterlos dentro de una padre?