Duda funcionamiento include() en linux

[Nemutagk]

No, entendiste mal, no es cuestión de configuración o compatibilidad, es por el propio sistema de archivos que usa el sistema operativo, por lo tanto NO es configurable, si o si tienes que respetar las reglas en los sistemas de archivos (a sistemas de archivos me refiero a NTFS, FAT 16/32, EXT2/3/4, etc), por otro lado, TAMPOCO es problemas de compatibilidad, si respetas los nombres de archivos (sus mayúsculas y minúsculas, evitar espacios o caracteres raros) funcionará bien en cualquier SO, sin importar el sistema de archivos que se use