Gracias.
Realmente necesitaba hacer esto posible sin establecer manualmente el fondo desde los archivos PHP, puesto que la idea es que el usuario elija el fondo desde el panel de administración.
He encontrado como eliminar líneas indeseables que devuelve wp_head() aquí:
http://www.themelab.com/2010/07/11/remove-code-wordpress-header/
De cualquier manera gracias.