freetype-config y imlib2-config son dos programas que lo único que hacen es decir a los autoconf el lugar dónde se encuentran los encabezados de las librerías para que puedan enlazarse correctamente.
Si ya instalaste freetype-dev y imlib2-dev (algo así se han de llamar) en lugar de modificar el guión de python y si es así como dices que dichos programas están en otro lado, lo único que tendrías que hacer sería crear unos enlaces a /usr/bin
Código bash:
Ver originalsudo ln -s /no/se/que/otra/ruta/freetype-config /usr/bin