Como actualizo mi php?

[unreal4u]

por la versión de PHP que tiene instalado me parece mucho que se podría tratar de un CentOS4.

Basándome en ese caso, creo que ya no hay soporte en los repos para yum así que lo único que te queda es efectivamente compilar.
Esa compilación la tienes que hacer en el directorio de la versión de PHP que bajaste (por eso te dice que no encuentra objetivo ni makefile), pero apróntate que vas a tener muchos problemas con una máquina tan vieja, mi recomendación es que simplemente hagas una nueva máquina con CentOS6 que es la última versión y que creo ya viene predeterminado con PHP5.3.

Saludos.