En realidad no, los dos managers comparten el mismo EntityManager, deberías leer sobre DI
http://fabien.potencier.org/article/...ency-injection y acá tienes un DiC extremadamente sencillo pero funcional
https://github.com/fabpot/Pimple que puedes integrar rápidamente.
Con respecto al resto de preguntas:
- No deberías preocuparte no es mas que un ejemplo y la fuerza de la costumbre :P.
- Es a gusto del consumidor, también podrías tener una carpeta Manager y dentro definir los managers, es un tema de preferencias.
- Te sugiero que te des una vuelta por la doc de php y googles un poco hay mucha info al respecto, te dejo una referencia http://www.phparch.com/2010/03/namespaces-in-php/