Server dice "MySQL server has gone away"

[SirDuque]

Con multiple insert realizo 100MIL en menos de 30 seg.
Un simple query es esto:

mysql_query () ->
<- resultado
mysql_query () ->
<- resultado
mysql_query () ->
<- resultado
mysql_query () ->
<- resultado

En cambio un multiple query equivale a esto:

mysql_query () ->
<- resultado

Es evidente que lo diseñaron para que la transacciones con mysql sea mas rapida y no carge la base de datos.

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Con respecto de ingresar todo en un array, es una mejor idea, si nos facilitas el codigo podriamos ayudarte.