Te recomiendo que formatees todo el disco duro con el formato completo. Mejor elimina la partición con fdisk o con pmagic y vuélvela a crear con el formato completo. Y luego ponte un windows que no sea el millenium, te recomiendo el 2000 o el XP. Y si te atreves, ponte linux en otra partición.
Espero que así se te arregle.
Saludos