Hola chicos, he estado googleando y he encontrado el error, parece ser que la capa que contiene el flash siempre se muestra por encima del resto, así que lo que hay que hacer es lo siguiente:
<object id='FLASH' classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=10,0,0,0" width="1024px" height="768">
<param name="AllowScriptAccess" value="always"/>
<param name="src" value="localhost/swf/myFlash.sw"/>
<param name="wmode" value="transparent">
<embed name="MyMovie"
wmode="transparent" pluginspage="http://www.adobe.com/go/getflashplayer" src="localhost/swf/myFlash.swf" width="1024px" height="768px"allowscriptaccess="always"/>
</object>
Espero les sirva.
Un saludo