Rendimiento de Mysql.

[gjx2]

Bueno yo personalmente te puedo decir que no es mysql
por que tengo un tabla usando el motor InnoDB que recibe cada 15 dias 8 veces esa cantidad y la tabla se mantiene en perfecto estado y todo funcionando.

Hay muchas cosas que pueden estar pasando aqui.

1- Configuracion de tu svr en sentido de hardware
2- Configuracion del servidor mysql variables y demas.
3- El tipo de tabla que usas y la configuracion de la misma.