Claro, de por sí puedes manipular el contenido del archivo como un string cualquiera (pero claro está, primero debes leerlo en absoluto), sólo es que definas muy bien la estructura de tu archivo para saber y hacer referencia de dónde a dónde tomar, yo haría lo siguiente, por ejemplo:
Código:
<html>
<!-- Division -->
<head>
<?php echo('Soy un título.');?>
</head>
<!-- Division -->
<body>
<p>
Soy un párrafo
</p>
</body>
[...]
Esa sería por ejemplo la estructura de mi archivo al momento de guardarlo y lo llamaría de esta forma:
Código PHP:
$seccion = explode('<!-- Division -->', $contenido);
# Sección de cabecera:
echo($seccion[0]);
# Sección del cuerpo
echo($seccion[1]);