Ya conseguí darme cuenta del error, aquí la solución correcta:
Código JAVA:
Ver originalList<String> ls;
for (Iterator<String> conjunto = poid.iterator(); conjunto.hasNext();) {
ls = new LinkedList<String>(); // Aquí el fallo, que había que inicializarla cada vez que se entrara en el for primero.
if(m.get(es).equals(ss)){
ls.add(es);
ml.put(m.get(es),ls);
}
}
}