Hola falegria230349:
Cuando necesites filtrar el resultado de una agrupación lo puedes hacer incluyendo la cláusula HAVING al final de la consulta
Código:
SELECT numdoc,SUM(DEBE),SUM(HABER), SUM(debe-haber) saldoF
FROM pruebas
GROUP BY numdoc
HAVING SUM(debe-haber) != 0
Saludos
Leo.