En la teoría si que hay documentación y estandarización de como organizar un proyecto, todo depende de la arquitectura de software utilices, hay muchos tipos y pueden ser radicalmente diferentes en su organización de los ficheros, personalmente uso MVC y mis directorios quedan así
Código:
raiz
|-- application
| |-- config
| |-- layouts
| |-- modules
| | |-- index //nombre del modulo!
| | | |--controllers
| | | |--views
|-- library
| |-- librerias propias
| |-- librerias de terceros
|-- public
| |-- img
| |-- js
| |-- css
| |-- swf
| |-- otros
Aunque claro, solo la carpeta public es accesible desde internet, las demás quedan fuera del acceso...