Estas buscando en el sitio equivocado, solo lo podrás renombrar con php puesto que te interesa que se renombre la copia subida al servidor....
http://www.w3schools.com/php/php_file_upload.asp
Saving the Uploaded File
Resumiendo los archivos subidos con php (aun que lances el proceso con js lo estas subiendo con php) se guardan automaticamente como archivos temporales del servidor y se perderian tambien automaticamente despues de subirlos si no se cambian de sitio y nombre immediatemente, concretamente
Código PHP:
Ver original...
"upload/" . $_FILES["file"]["name"]);
...
quizas si te trasladan a php te lo aclaran mejor.