Guarda los archivos en tu servidor... pero si vas a dar esa opcion de subir a su gusto... tu servidor puede colapsar o hasta resivir ataques.... te sugiero tener cuidado en ese tema... quizas solo debes permitir que suban uno o tres archivos o una capacidad maxima de los archivos.
Debes revisar el tipo de archivo que suben para que no suban cualquier cosa.
Suerte