No, siempre tienes que tener tus modelos y más bien tus modelos tienen que consumir al entityManager para traer los objetos que vas a usar en tus vistas.
Doctrine es un ORM completo, por lo que puedes separar aún mejor tu modelo al regresar objetos (o colecciones de) desde tu modelo.
Lo que tienes que hacer es ver como inyectar desde tu index.php el entityManager a tus modelos para que puedas de ahí cargar repositorios, y obtener tus objetos con los datos ya listos.
Ten en cuenta que toda la capa de Modelo es la lógica de tu negocio, el controlador debe de quedar lo más limpió posible y de ser posible que solamente ocupes la menor cantidad de controladores que cambien la forma de trabajar en base a los diferentes parámetros.
Lee lo siguiente:
http://weblog.jamisbuck.org/2006/10/...ller-fat-model
Saludos.