Para mí la mejor estructura es la de Wikipedia cuando los contenidos son paralelos, es decir, para cada página en un idioma existe el equivalente en otros. Así por ejemplo:
http://en.wikipedia.org/wiki/SEO
enlaza con:
http://es.wikipedia.org/wiki/Posicio..._en_buscadores
Y google también los considera distintos dominios.
Tener un dominio de primer nivel por cada idioma puede dar algunos problemas:
- los dominios de 2 letras representan países no idiomas. No es lo mismo. Y conlleva cumplir distintas normas en cada país..
- cuesta mas dinero.
Aunque si sólo te preocupaba inglés y castellano entonces tener el .com y el .es es una buena solución.