Lo instale desde esta web ->
http://pear.doctrine-project.org/
Entre en la carpeta xampp/php desde la consola de comandos de windows
y ahi ejecuto los comandos para unirme al canal, listar e instalar paquetes.
Pero en xampp/php/PEAR/Doctrine/ solo tengo instalado DBAL y ORM.
Por cierto, si, en la carpeta xampp/php tengo los 3 archivos doctrine que indicas.
¿ A que te refieres con "si tienes php en el include_path con ejecutar doctrine en la consola debería ver las opciones del cli." exactamente ?