Reverse engineering no es la mejor para empezar con doctrine, seria mucho mejor desde cero para ir comprendiendo los conceptos, de todas formas lo primero seria configurar correctamente la
consola para mapear desde la bbdd
http://docs.doctrine-project.org/pro...se-engineering(lee atentamente los notes) y lo otro seria configurar el bootstrap de doctrine
http://docs.doctrine-project.org/pro...#bootstrapping, que tienes hecho ?, estas utilizando algún fw ?
Saludos.