Hola, debes liberar la memoria
antes de la segunda consulta y ahi la estas liberando tras el require.
Es que si dices que haciendo dos conexiones distintas y dos valores distintos, te funciona ... a mi lo que se me ocurre es eso, que no has liberado la memoria correctamente.
Cita: mysqli_free_result($marcas);
$marcas=$GM->ListarMarcas($cn);
require("php/Vistas/V_ListarMarcas.php");
si no te funciona esto... poco mas se me ocurre la verdad.