Prueba obtimizando mysql
Código:
cd /sbin
wget http://mysqltuner.com/mysqltuner.pl
chmod 700 /sbin/mysqltuner.pl
mysqltuner
A simple vista algunos valores se ven bajos pero sin conocer exactamente el tamaño y número de bases de datos y tablas es dificil, el script te dará buenas recomendaciones
APC y Eaccelerator juntos no se si será buena idea
El el httd.conf cambia:
Timeout 30
MaxRequestsPerChild 50000
Esto debe bajar el número de conexiones y carga