fichero XML independiente de la arquitectura

[Xerelo]

No entiendo tu problema, un XML es independiente del SO que uses.

Después dices que ese xml se le enviará mediante un webservice a quien lo solicite, por lo que no entiendo qué necesidad tienes de guardarlo en disco (por lo menos desde el punto de vista del que crea el xml). El dónde guardarlo será cosa del cliente que recibe el XML.

Si también tienes que crear el cliente y quieres guardar el XML recibido, lo único que necesitas es utilizar rutas relativas, de esa forma el fichero(s) se guardarán en el mismo directorio de la aplicación.