Out of memory en upload

[SeaPirates]

Intengo crear un upload de archivos pesados con php y ajax, pero creo que con la función copy() consume mucha memoria y me da out of memory (Aunque ya le he dado muchísima memoria)

Código PHP:

require_once ("includes/core.php");
 
$fn = (isset($_SERVER['HTTP_X_FILENAME']) ? $_SERVER['HTTP_X_FILENAME'] : false);
 
if ($fn) {
 
 
    $ftmp = explode(".", $_SERVER['HTTP_X_FILENAME']);
    $extensiones = mysql_num_rows(mysql_query("SELECT id FROM formats WHERE format = '$ftmp[1]'"));
    $fExt = strtolower($ftmp[count($ftmp) - 1]);
 
    if ($extensiones == "0") {
        echo "error";
    } else {
        // AJAX call
        $folder_1 = substr(sha1(uniqid(rand())),0,40);
        $folder_2 = substr(sha1(uniqid(rand())),0,40);
        $filename = substr(sha1(uniqid(rand())),0,40);
        mkdir("files/" . $folder_1 . "", 0777, true);
        mkdir("files/" . $folder_1 . "/" . $folder_2 . "", 0777, true);
        chmod("files/" . $folder_1 . "", 0777);
        chmod("files/" . $folder_1 . "/" . $folder_2 . "", 0777);
 
        file_put_contents("files/" . $folder_1 . "/" . $folder_2 . "/" . $fn,
            file_get_contents('php://input'));
        rename("files/" . $folder_1 . "/" . $folder_2 . "/" . $_SERVER['HTTP_X_FILENAME'],
            "files/" . $folder_1 . "/" . $folder_2 . "/" . $filename . "." . $fExt . "");
 
        $refer = substr(sha1(uniqid(rand())),0,10);
    
        $download = substr(sha1(uniqid(rand())),0,40);
        $direct = "files/" . $folder_1 . "/" . $folder_2 . "/" . $filename . "." . $fExt .
            "";
        if (isset($_SESSION['id'])) {
            $type = "user";
            $owner = $user['username'];
        } else {
            $type = "guest";
            $owner = $_SERVER['REMOTE_ADDR'];
        }
        mysql_query("INSERT INTO downloads (refer_id,download_id,direct_download,filename,type,owner,lastdownload) VALUES('" .
            $refer . "','" . $download . "','" . $direct . "','" . $_SERVER['HTTP_X_FILENAME'] .
            "','$type','$owner','" . time() . "')");
        $peso_archivo = filesize($direct);
        if (!isset($_SESSION['upstyle'])) {
            $class = "odd";
            $_SESSION['upstyle'] = true;
        } elseif ($_SESSION['upstyle']) {
            $class = "even";
            unset($_SESSION['upstyle']);
        }
 
 
        echo '<section class="file ' . $class . '"><section class="FileSep">' . $_SERVER['HTTP_X_FILENAME'] .
            '</section> <section class="FileSep">' . file_size($peso_archivo) .
            '</section> <section class="FileSep" style="width:500px;"><a class="link" href="https://' .
            $_SERVER['SERVER_NAME'] . '/d' . $refer .
            '" target="_blank" id="tooltip_left">https://' . $_SERVER['SERVER_NAME'] . '/d' .
            $refer . '<section>Con este enlace podr&aacute;s descargar tu archivo o pasarlo a tus amigos cuando quieras</section></a></section> <section class="FileSep"><a id="tooltip_left" class="tag" href="#" id="tooltip_left">Eliminar<section>Para eliminar esta descarga haz click a este enlace</section></a> <a id="tooltip_left" class="tag" href="#" id="tooltip_left">Compartir<section>Proximamente</section></a></section></section>';
 
    }
}
 

¿Puede que sea por el file_put_contents, y en ese caso tenga que cambiar de código y función? ¿O si lo cambio seguirá pasándome?

Ya me estoy estresando, llevo semanas intentando solucionando cambiando configuraciones del servidor y nada.