Google indexa lo flash, es cierto, pero si tu página está bien estructurada, supongo que un <h1> debería tener más relevancia.
Para prevenir el indexado, creas un archivo robots.txt en la raiz del sitio con este formato
Código txt:
Ver originalUser-agent: *
Disallow: /ruta/a.swf
Disallow: /ruta/b.swf
Disallow: /ruta/c.swf
Si tuvieses todos los swf en la misma carpeta , se puede simplificar con
Código txt:
Ver originalUser-agent: *
Disallow: /ruta_carpeta_swf
Saludos