En primer lugar este error no depende de servidor, no importa si es tomcat o GlassFish, o Jboss o lo que sea...
La cuestion es que si es windows debes podrias ejecutar un archivo batch, si es linux un shell ( O como en este caso desde invocacion directa en Java, pero debes crear una aplicacion ejecutable adicional que podrias llamarla LauncherServices.jar (Debe estar en el pc local con privilegios para el Admin IT)), la cual indicarias en la ayuda, en ella se configura el servidor sonbre el cual correra la aplicacion, el servicio o servicios que debe arrancar...etc.
http://felinfo.blogspot.com/2009/12/...dos-desde.html
Comados glassfish consola:
Iniciar: asadmin start-domain
Detener servicio: asadmin stop-domain
Mas informacion:
http://www.dosideas.com/wiki/GlassFish
Ahora al conectar a la base de datos si es un jar, no debe apuntar a local host, si no a la direccion IP donde se encuentra instalada la Base de datos.
NOTA: Recuerda que glassFish es un servidor aun mas potente, te permite crear pool de conexiones, manejo de JPA o EJB de ser necesarios(Sin necesidad de complementos adicionales), de lo contrario si utilizaras JDBC, no es una aplicacion monstruosa como la de un banco, y programacion a pelo... te recomiendo, pasate a Tomcat que es mas basico y por tanto consume menos recursos.
Saludos,