Consulta general Proyecto

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Mas que recibir consejos, lo mejor es que te pongas a estudiar. En este momento tienes mil preguntas y es imposible darte una respuesta concreta a cada uno de tus problemas. Si recién estás empezando el proyecto que te encargaron te va a quedar un poco grande. En cualquier caso los pasos a seguir siempre son los mismos: análisis, diseño, etc... Respecto de la seguridad puedes leer cualquier artículo especialiazado buscando en Google, para todo lo demás... lamentablemente no hay sustituto para el conocimiento, pero con un buen libro puedes llegar a alguna parte. Consulta los libro de PHP de la editorial WROX, saludos