Hola muelli!!!
Creo que lo que estas contando es que te han pasado un dbexport de una tabla, y tu mediante java cargas esa dbexport en tu base de datos. no??
Bueno el que aparezcan caracteres raros en el fichero de la dbexport puede ser por la configuración del motor de la base de datos (idioma generalmente), por el sistema operativo que aloja al motor de la base de datos...
Unas posibles soluciones que se me ocurren son:
Solucion1: Abres el fichero y haces un buscar/remplazar de los caracteres "raros". Haces un guardar como y finalmente utilizas este fichero para cargar tu base de datos.
Solución2: Te curras un procedimiento almacenado que relice updates sobre la tabla, cargandose los caracteres raros por los buenos (todos los motores de base de datos tienen funciones para remplazar cadenas de caracteres).
A mi me convence mas la solucion2, ya que aunque es mas costosa de desarrollar, ya tendras creado el almacenado para posteriores cargas de la tabla, ademas puedes llegar a incluir en tu codigo java la llamada al almacenado con lo cual con ejecutarlo tendrias la tabla correctamente cargada.
Suerte,
un saludo,
kripton