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Iniciado por maycolalvarez 
¿estas importando desde AJAX?: no te funcionará, porque el objetivo de ajax es tomar la petición, depende de ti manipularla, cuando haces innerHTML es "HTML" debes de separar los bloques script para ejecutarlos por separado, con eval() si es el caso.
otro punto es si usas algún FW del lado del servidor que filtre XSS, de ser así debes de des-habilitarlo en ese punto
De hecho utilizo AJAX para cargar la pagina que necesito que ejecute el script, ya separe el innerHTML y sigue igual...