No es lo mismo.
Si sólo puedes hacerlo con el .htaccess, pruébalo pero poniendo el nombre de tu web en vez de la variable "%{HTTP_HOST}":
Código Apache:
Ver originalRewriteRule ^/index\.php(.*)$ http://nombredetuweb.com$1 [R=301]
De todas formas, para evitar que los buscadores te penalicen por contenido duplicado puedes utilizar la etiqueta "canonical" mientras que lo solucionas.