Resuelto aqui dejo la forma en que me funciono a mi, vez de count utilice sum y una condicion if :
Código PHP:
$p1 = $this->consulta("SELECT SUM(IF(p1='1',1,0)) as femenino,SUM(IF(p1='2',1,0)) as masculino FROM encuesta WHERE fecha BETWEEN '".$fechaInicio."' AND '".$fechaFin."'");
$resultP1 = $this->fetch_array($p1);
foreach($resultP1 as $rowP1):
$femenino = $rowP1['femenino'];
$porcentajeFemenino = $femenino * $porcentajeEncuestados / $encuestados;
$masculino = $rowP1['masculino'];
$porcentajeMasculino = $masculino * $porcentajeEncuestados / $encuestados;
endforeach;