Listo, el error era mio porque estaba usando DataInputStream para leer los datos
Lo que hice fue tomar el inputstream del ftp y pasarlo a byte[] con la libreria common-io de apache
Código Java:
Ver originalInputStream stream
= ftp.
retrieveFileStream("/materia/mover.dat"); byte buff[] = IOUtils.toByteArray(stream);
Gracias de igual forma..