Estructura adecuada

[Trublux]

¿Cuando dices clientes te refieres a usuarios ó son clientes que tienen cada uno un sistema y que no tienen ninguna relación entre ellos?

Por otro lado, no puedo confirmarlo pero creo que en ext3 no ha límite de directorio/archivos por directorio. Los 32.000 que mencionas creo que es el límite de subdirectorios que puede tener un árbol (directorio dentro de directorio, dentro de directorio, etc.).

También ten en cuenta que, si no te estás refiriendo a usuarios si no a clientes con todo un sistema entero para cada uno, quizá tu máquina no soporte la carga y tengas que tener varias distintas (tanto para la aplicación como para las BBDDs).