Cita: Hace mucho tiempo planteé en este mismo foro la siguiente pregunta.
¿Qué es más óptimo para mis clientes, una base de datos compartida entre todos con el identificador del cliente o una base de datos propia para cada cliente?
La respuesta ganadora fue: Base de datos propia para cada cliente.
Personalmente no recuerdo que hayas planteado la pregunta, o al menos no era el tema principal (no aparece entre tus post creados), pero si te puedo decir que yo jamás te hubiese aconsejado semejante cosa. Para mi es una pésima idea. Uno sólo replica estructuras de base para crear sucursales, no para separar clientes...
Una de las razones por las que nunca estoy de acuerdo con eso de "una base por cliente", es precisamente por el problema con que te enfrentas: Se te va a escapar de las manos la administración de semejante cantidad de esquemas.
La solución de una única base es siempre la mejor elección, incluso los sistemas bancarios, con una enorme cantidad de cientes individuales y clientes empresas, no usan una base por cliente para atender sus requerimientos. Usan un sólo sistema de base de datos distribuido, pero unificado.
¿Por qué crees que lo hacen? Simple: Porque hacer una base por cliente es como mínimo una mala idea (en realidad un profesor mio diría que es una idea insensata).
Ahora estás metido en el brete y tendrás que elegir: O una reingeniería que corrija todo, o seguir como vas, agregando servidores y poniendo tda tu atención en las capacidades de integración de sistemas en la capa de servicios web.