Gracias a todos por su ayuda alfinal logre solucionarlo era algo basico abrir el tr en el primer if y cerrarlo en el ultimo dejo el codigo por si a alguien le sirve
Código PHP:
mysqli_free_result();
$Connection = mysqli_connect("172.17.97.118","root","Passw0rd");
mysqli_select_db($Connection,'ces_calidad') or die("Could not connect to database");
$sql2="call notas_ciclo_asesores('J. Santander');";
$result2 = mysqli_query($Connection,$sql2);
$tbl_notas = ' <table cellpadding="0" cellspacing="0" width="550" style="font-size:11px;">';
$tbl_notas .= '<thead style="font-weight:bold;">
<tr>
<td align="left" >Nombre Asesor.</td><td>Ciclo 1</td><td >Ciclo 2</td><td>Ciclo 3</td><td >Ciclo 4</td>
</tr>
</thead><tbody>';
while($row2 = mysqli_fetch_array($result2)){
if($row2[5]==1)
{
$tbl_notas .= '<tr>';
$tbl_notas .= '<td align="left" >'.$row2[1].'</td>';
$tbl_notas .= '<td >'.$row2[4].'</td>';
//echo $row2[5];
}
if($row2[5]==2)
{
$tbl_notas .= '<td >'.$row2[4].'</td>';
//echo $row2[5];
}
if($row2[5]==3)
{
$tbl_notas .= '<td >'.$row2[4].'</td>';
//echo $row2[5];
}
if($row2[5]==4)
{
$tbl_notas .= '<td >'.$row2[4].'</td>';
//echo $row2[5];
$tbl_notas.='</tr>';
}
}
$tbl_notas.='</tbody></table>';
echo $tbl_notas;