Para traspasar el PageRank y—lo más, los más importante—el tráfico orgánico; debés, necesariamente, hacer redirecciones 301 (el foro de
Apache está lleno de ejemplos) de las anteriores URLs a las nuevas
Si vas a sentarte a esperar que Google remedie la genialidad que se mandaron va a ser como posicionar un sitio Web desde cero
Ah! por cierto... de nada inluye que el anterior sitio fuese HTML plano y el actual... bueno
el actual es también plano pero generado con PHP mediante un CMS (1) lo cual no tiene incidencia alguna desde el punto del ordenamiento de resultados
nota (1): WordPress tiene buenos plugins a la hora de darte una mano con el SEO
