Problema con Servidor MySQL

[calakra]

Hola a todos.

De nuevo por aquí con unas dudas que empezaré a comentar.

Acabo de instalar MySQL 5.5.21 en una maquina (windows 7) e instale el workbench, lo que queria hacer era ver las bases de datos que se crean en automatico, cuando entre a MySQL desde inicio-programas-mysql-mysql server 5.5-mysql comman...
le doy clic y me abre una ventana de comandos pidiendome la contraseña la cual pongo y entra sin problemas, pongo show databases y me muestra que tengo las siguientes bases de datos
mysql> show databases
-> ;
+--------------------+
| Database |
+--------------------+
| information_schema |
| mysql |
| performance_schema |
| sakila |
| test |
| world |
+--------------------+


Hasta ahi no vi ni un problema.

Cuando entro a mysql desde las carpetas
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin\mysql.exe

le doy doble clic al ajecutable y me abre la ventana de comandos sin pedirme contraseña y cuando le doy show databases solo me aparecen dos bases de datos

mysql> show databases
-> ;
+--------------------+
| Database |
+--------------------+
| information_schema |
| test |
+--------------------+
2 rows in set (0.00 sec)


No se cual es el problema de que cuando abro de diferente forma me muestra diferentes cosas, espero me puedan ayudar a decirme cual es cual y si no hay problema para crear la variable en el path