Uploadify usa la clase net.FileReference de Flash. Para algunos entornos es necesario, para que Flash "se notifique" de que el upload ha finalizado y lance el handler asociado al evento onComplete, que el archivo que hace el upload escriba alguna salida de algún tipo. En este caso, creo que el archivo uploadify.php es el que debería generar una salida de algún tipo (con un echo). Asegurate de que eso ocurra y, si no es eso, a seguir buscando